CY3-UTP 10mM solution

1. 化学性质与结构

• 核心组成：由 Cy3 荧光染料通过氨基烯丙基连接臂与尿苷三磷酸（UTP）共价结合而成，分子量为 1151.98（游离酸形式）。

• 光谱特性：激发波长 550nm，发射波长 570nm，呈现明亮的橙色荧光，可与 TRITC 滤光片组兼容，适用于共聚焦显微镜、流式细胞仪等设备。

• 纯度与稳定性：产品为无核酸酶的 10mM 水溶液，纯度≥95%（HPLC 检测），需避光保存于 - 20℃，至少两年有效，避免反复冻融。

2. 标记机制与实验优势

• 酶促掺入：作为 T7、T3、SP6 等 RNA 聚合酶的底物，Cy3-UTP 可在体外转录过程中随机替代天然 UTP，掺入比例通常为 10%-50%（需优化反应条件）。例如，使用 35% 的 Cy3-UTP 替代 UTP 时，可在标记效率与 RNA 产量间达到最佳平衡。

• 直接可视化：标记后的 RNA 无需额外染色即可通过紫外光或荧光显微镜观察，简化实验流程并减少背景干扰。

• 高灵敏度与特异性：Cy3 染料的消光系数高达 150,000 cm⁻¹M⁻¹，可检测低至皮克级的 RNA 样本，且与 DNA 的非特异性结合极低。

3. 实验应用建议

• 体外转录条件优化：

• 模板需包含 T7 启动子序列，推荐使用线性化质粒或 PCR 产物。

• 反应体系中需加入 RNase 抑制剂，避免 RNA 降解。

• 多色荧光实验设计：

• 与 Cy5-UTP（激发 / 发射波长 650/670nm）或 FITC-UTP（495/520nm）联用，可实现多目标同时检测。

• 需注意不同染料的光谱重叠问题，建议通过荧光补偿或滤光片组合优化信号分离。

• 储存与操作注意事项：

• 避免直接暴露于强光，实验操作建议在暗室或使用遮光罩。

• 标记后的 RNA 探针可于 - 80℃长期保存，使用前需缓慢解冻并轻柔混匀。